ASURAT

DOI:10.18129 / B9.bioc.ASURAT

这是发展ASURAT版本;稳定的发布版本,请参阅ASURAT。

为单细胞数据功能注解驱动的无监督聚类

Bioconductor版本:发展(3.17)

ASURAT是单细胞的软件数据分析。使用ASURAT,一个可以同时执行无监督聚类和生物解释细胞类型、疾病、生物过程和信号通路活动。输入一个单细胞RNA-seq数据和知识数据库,如细胞本体,基因本体,KEGG,等等,ASURAT基因表达表转换成原始多元表,称为sign-by-sample矩阵(ssm)。

作者:凯塔Iida (aut (cre),Johannes Nicolaus Wibisana(施)

维护人员:凯塔Iida < kiida在protein.osaka-u.ac.jp >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ASURAT”)

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文档

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HTML	R脚本	ASURAT
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,GeneExpression,GeneSignaling,测序,SingleCell,软件
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,S4Vectors,Rcpp(> = 1.0.7),集群跑龙套,plot3D,ComplexHeatmap,circlize、网格、grDevices图形
链接	Rcpp
建议	ggplot2,TENxPBMCData,dplyr,Rtsne,修拉,AnnotationDbi,BiocGenerics,stringr,org.Hs.eg.db,knitr,rmarkdown,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ASURAT_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	ASURAT_1.3.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	ASURAT_1.3.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ASURAT_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ASURAT
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ASURAT
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ASURAT/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ASURAT/
包下载报告	下载数据