分配

DOI:10.18129 / B9.bioc.ASSIGN

这是发展ASSIGN版本;稳定版请参见分配．

自适应签名选择与集成(ASSIGN)

Bioconductor版本:开发(3.17)

ASSIGN是一种计算工具，用于评估个体患者样本中的通路解除管制/激活状态。ASSIGN采用了一种灵活的贝叶斯因子分析方法，该方法适应从基于知识的文献或从扰动实验中获得的预定通路签名到细胞/组织特异性通路签名。每个上下文特定通路的解除管制/激活水平被量化为分数，这表示患者样本包含通路解除管制/激活签名的程度。

作者:沈莹，安德里亚·h·比尔德，w·埃文·约翰逊，穆特赫娜·拉赫曼

维护者:沈莹， W. Evan Johnson ， David Jenkins ， Mumtehena Rahman

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ASSIGN")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“转让”)

超文本标记语言	R脚本	底漆
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯，GeneExpression，通路，软件
版本	1.35.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(9年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.4)
进口	gplots，图形，grDevices，二甲基砜，Rlab统计数据,股东价值分析跑龙套,ggplot2，yaml
链接
建议	testthat，BiocStyle，lintr，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://compbiomed.github.io/ASSIGN/
BugReports	https://github.com/compbiomed/ASSIGN/issues
全靠我
进口我	TBSignatureProfiler
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ASSIGN_1.35.0.tar.gz
Windows二进制	ASSIGN_1.35.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	ASSIGN_1.35.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	ASSIGN_1.35.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ASSIGN
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ASSIGN
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ASSIGN/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ASSIGN/
软件包下载报告	下载数据