ANCOMBC

DOI:10.18129 / B9.bioc.ANCOMBC

这是发展ANCOMBC版本;稳定的发布版本,请参阅ANCOMBC。

微生物组微分与偏差纠正丰度和相关性分析

Bioconductor版本:发展(3.17)

ANCOMBC是一个包,其中包含微分丰富微生物数据(DA)和相关性分析。具体来说,包包含成分的微生物分析偏差纠正2 (ANCOM-BC2),分析微生物的组成与偏差纠正(ANCOM-BC)和分析微生物的组成(安共体)达分析,和稀疏估计微生物之间的相关性(西科姆)进行相关分析。微生物数据通常受到两个来源的偏见:不平等的抽样分数(sample-specific偏见)和微分测序效率(taxon-specific偏见)。方法包括在ANCOMBC包旨在纠正这些偏差和构造统计估计一致。

作者:林黄(cre, aut)

维护人员:林黄< huanglinfrederick gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ANCOMBC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ANCOMBC”)

HTML	R脚本	安共体
HTML	R脚本	ANCOMBC
HTML	R脚本	ANCOMBC2
HTML	R脚本	西科姆
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,微生物组,归一化,测序,软件
版本	2.1.2
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	米娅统计数据,CVXR,DescTools,Hmisc,质量,Rdpack,S4Vectors,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,TreeSummarizedExperiment,doParallel,doRNG,dplyr,emmeans,能源,foreach,lme4,lmerTest,magrittr,nloptr平行,rlang,rngtools,宠物猫,tidyr,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,DT,脱字符号,微生物组,tidyverse
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/FrederickHuangLin/ANCOMBC
BugReports	https://github.com/FrederickHuangLin/ANCOMBC/issues
取决于我
进口我	benchdamic,microbiomeMarker
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ANCOMBC_2.1.2.tar.gz
Windows二进制	ANCOMBC_2.1.2.zip
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ANCOMBC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ANCOMBC
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ANCOMBC/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ANCOMBC/
包下载报告	下载数据