amaretto.

DOI：10.18129 / b9.bioc.amaretto

这是发展amaretto的版本;对于稳定的版本版本，请参阅amaretto.。

使用综合多OMICS分析和惩罚回归调控网络推论和驾驶基因评估

Bioconducts版本：开发（3.14）

整合越来越多的可用多OMIC癌症数据仍然是提高对癌症理解的主要挑战之一。主要挑战之一是使用多OMICS数据来识别新型癌症驱动基因。我们开发了一种称为Amaretto的算法，其通过分析癌症样品将拷贝数，DNA甲基化和基因表达数据集成，以鉴定一组驾驶员基因，并将它们连接到联合表达基因的簇，我们将其定义为模块。我们在康乃伊环境中应用了Amaretto，以识别癌症司机基因及其在多个癌症网站上的模块。Amaretto捕获富含血管生成，细胞周期和EMT的模块，以及精确预测存活和分子亚型的模块。这允许Amaretto识别引导规范癌症途径的新型癌症驾驶基因。

作者：Jayendra Shinde，Celine Everaert，Shaimaa Bakr，Mohsen Nabian，Jishu Xu，Vincent Carey，Nathalie Pochet和Olivier Gevaert

维护者：olivier gevaert

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）＃下面初始化buoc devel biocmanager ::安装（版本='devel'）biocmanager ::安装（“amaretto”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

Browsevignettes（“Amaretto”）

HTML.	r script.	1.介绍
PDF.		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

Biocviews.	替代品那batcheffect.那贝叶斯那聚类那复印机那DataImport.那不同的亚兴那差分甲基化那差异化那Exonarray.那基因表达那GenereGulation.那GenesetenRichment.那甲基化阵列那microRNAARRAY.那微阵列那多匹匹莫森那网络那正常化那oneChannel.那预处理那proprietaryplatforms.那QualityControl.那rnaseq.那回归那测序那软件那统计方法那时间课程那转录那两种通道那MRAMICRARARAY.
版本	1.9.0.
在生物导体中以来	BIOC 3.9（R-3.6）（2年）
执照	Apache许可证（== 2.0）+文件执照
依靠	r（> = 3.6），赋予那多达齐全，grdevices，dplyr.， 方法，ComplexHeatMap.
进口	Callr.（> = 3.0.0.9001），矩阵那rcpp.那biocfilecache.那DT.那MultiAsaySayexperiment.那盘旋那CutatedTCGADATA.那Foreach.那glmnet.那httr.那林马那MatrixStats.那读书那重塑2.那娇媚那RAMAMAMDOW.，图形，网格，并行，统计数据，kn那ggplot2.那格拉底，实用程序
链接到	rcpp.
建议	testthat.那大量的那kn
系统要求
加强
URL.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	Amaretto_1.9.0.tar.gz.
Windows二进制文件	Amaretto_1.9.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	Amaretto_1.9.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/amaretto.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/ amaretto
包短网址	https://biocumon.org/packages/amaretto/
包裹下载报告	下载统计信息