ALDEX2
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doi：10.18129/b9.bioc.aldex2
这是发展Aldex2的版本;对于稳定版本，请参阅ALDEX2。
考虑样品变化的差异丰度分析
生物导体版本：开发（3.16）
比较两个或多个条件的差异丰度分析。有助于分析来自标准RNA-SEQ或META-RNA-SEQ分析的数据，以及从体外序列选择中选择的和未选择的值。使用Dirichlet-Multinomial模型从计数中推断出丰度，对三个或更多实验重复进行了优化。该方法侵入生物学和采样变化以根据Wilcoxon秩和测试和Welch的t检验（通过Aldex.ttest）（通过Aldex.kw）（通过Aldex.kw），计算出预期的错误发现率（通过Aldex.ttest），通过Aldex.ttest（通过Aldex.ttest）计算预期的错误发现率（通过Aldex.kw）广义线性模型（通过ALDEX.GLM）或相关测试（通过Aldex.corr）。所有测试报告p值和本杰米尼·霍赫伯格校正了p值。ALDEX2还计算了成对或未配对的研究设计的预期标准效应大小。
作者：格雷格·格洛尔（Greg Gloor），安德鲁·费尔南德斯（Andrew Fernandes），让·麦克劳姆（Jean Macklaim
维护者：greg gloor
引用（从r内，输入引用（“ aldex2”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ aldex2”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ aldex2”）
| html | R脚本 | 高通量测序数据的方差分析样差分表达工具 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | 贝叶斯，，，，chipseq，，，，dnaseq，，，，差异性，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，宏基因组学，，，，微生物组，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，转录组学 |
| 版本 | 1.29.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.0（R-3.1）（8年） |
| 执照 | 文件执照 |
| 要看 | 方法，统计，zcompositions |
| 进口 | rfast，，，，生物比较，，，，基因组机，，，，iranges，，，，S4VECTORS，，，，总结性特征，，，，多检验 |
| 链接 | |
| 建议 | 测试，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/ggloor/aldex_bioc |
| BugReports | https://github.com/ggloor/aldex_bioc/issues |
| 取决于我 | Omicplotr |
| 进口我 | 板凳，，，，微生物膜标志物 |
| 建议我 | propr |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | aldex2_1.29.1.tar.gz |
| Windows二进制 | aldex2_1.29.1.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | aldex2_1.29.1.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/aldex2 |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/aldex2 |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/aldex2/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
