derfinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.derfinder

Annotation-agnostic微分表达式分析RNA-seq数据分辨率碱基对通过DER查找器方法

Bioconductor版本:版本(3.16)

这个包提供了annotation-agnostic微分函数表达式RNA-seq数据的分析。德仪的两个实现方法都包含在这个包中:(1)单级统计量和(2)表示regions-level DER识别。DER Finder方法也可以用来识别不同界ChIP-seq峰值。

作者:达芬奇Collado-Torres (aut (cre)Alyssa c . Frazee[所有],安德鲁·e·贾菲(aut)黑色,杰弗里·t .韭菜(aut)

维护人员:达芬奇Collado-Torres < lcolladotor gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“derfinder”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“derfinder”)

HTML	R脚本	derfinder快速入门指南
HTML	R脚本	derfinder用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,报道,DifferentialExpression,DifferentialPeakCalling,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件
版本	1.32.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	BiocGenerics(> = 0.25.1),AnnotationDbi(> = 1.27.9),BiocParallel(> = 1.15.15),bumphunter(> = 1.9.2),derfinderHelper(> = 1.1.0),GenomeInfoDb(> = 1.3.3),GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomicFiles,GenomicRanges(> = 1.17.40),Hmisc,IRanges(> = 2.3.23)、方法qvalue(> = 1.99.0),Rsamtools(> = 1.25.0),rtracklayer,S4Vectors(> = 0.23.19)统计,跑龙套
链接
建议	BiocStyle(> = 2.5.19),sessioninfo,derfinderData(> = 0.99.0),derfinderPlot,DESeq2,ggplot2,knitr(> = 1.6),limma,RefManageR,rmarkdown(> = 0.3.3),testthat(> =魅惑,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lcolladotor/derfinder
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/derfinder/
取决于我
进口我	brainflowprobes,derfinderPlot,GenomicState,奥得河,重新计票,recountWorkflow,regionReport
建议我	megadepth
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	derfinder_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	derfinder_1.32.0.zip
macOS二进制(x86_64)	derfinder_1.32.0.tgz
macOS二进制(arm64)	derfinder_1.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/derfinder
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ derfinder
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/derfinder/
包下载报告	下载数据