depmap

DOI:10.18129 / B9.bioc.depmap

癌症依赖地图数据包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

depmap包是一个数据包，可以使用ExperimentHub访问Broad研究所depmap癌症依赖性研究的数据集。最新版本的数据集可用，包括RNAI和CRISPR-Cas9基因敲除筛选，量化选定癌细胞系的遗传依赖性。其他数据集也可用于选定细胞系的基因的日志拷贝数，通过反相蛋白裂解微阵列(RPPA)测量的细胞系的蛋白质表达，“百万分抄本”(TPM)数据，以及包含当前版本中发现的其他数据集的元数据和突变调用的补充数据集。19Q3版本增加了药物依赖数据集，其中包含有关药物和候选药物化合物的癌细胞系依赖数据。20Q2版本增加了蛋白质组学数据集，包含通过质谱对蛋白质进行定量分析。该软件包将每季度更新一次，以纳入最新的Broad研究所DepMap公共癌症依赖数据集。本软件包中提供的所有数据均由布罗德研究所DepMap生成，用于研究目的，不用于临床使用。此数据在创作共用许可协议(Attribution 4.0 International (CC BY 4.0))下发布。

作者:Laurent Gatto [cre, aut]， Theo Killian [aut]

维护者:Laurent Gatto < Laurent。Gatto at uclouvain.be>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“depmap”)

超文本标记语言	R脚本	depmap
超文本标记语言	R脚本	Depmap用例
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AssayDomainData，BreastCancerData，CancerData，CellCulture，ColonCancerData，CopyNumberVariationData，DiseaseModel，ExperimentData，ExperimentHub，基因组，Homo_sapiens_Data，KidneyCancerData，LeukemiaCancerData，LungCancerData，OrganismData，OvarianCancerData，PackageTypeData，ProstateCancerData，蛋白质组，RepositoryData，ReproducibleResearch，SpecimenSource，干细胞的，组织
版本	1.12.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.6)，方法，dplyr
进口	跑龙套,ExperimentHub，AnnotationHub
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，冬青，gridExtra，ggplot2，readr，宠物猫，stringr，tidyr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	MAGeCKFlute
建议我	BioPlex
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	depmap_1.12.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/depmap
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/depmap
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/depmap/
软件包下载报告	下载数据