解耦

DOI:10.18129 / B9.bioc.decoupleR

解耦:从组学数据推断生物活动的计算方法的集合

Bioconductor版本:发行版(3.16)

许多方法允许我们使用来自先验知识资源的信息从组学数据中提取生物活动，降低维度以增加统计能力和更好的可解释性。在这里，我们提出了去耦器，一个包含不同统计方法的生物导体包，以在统一的框架内提取这些特征。去耦器允许用户灵活地测试任何方法与任何资源。它结合了考虑网络交互的符号和权重的方法。解耦器可以用于任何组学，只要它的特征可以与基于先验知识的生物过程联系起来。例如，在转录组学中，由转录因子调控的基因集，或在磷酸化蛋白质组学中，由激酶靶向的磷酸化位点。

作者:Pau Badia-i-Mompel [aut, cre]， Jesús Vélez-Santiago [aut]， Jana Braunger [au]，塞丽娜·盖斯[au]，丹尼尔·迪米特洛夫[au]，索菲亚Müller-Dott [aut]，彼得·陶斯[au]， Aurélien杜古尔德[aut]——克里斯蒂安·h·霍兰德[au]，里卡多·o·拉米雷斯·弗洛雷斯[au]，胡里奥·赛兹-罗德里格斯[aut]

维护者:Pau Badia-i-Mompel < Pau。Badia在uni-heidelberg.de>

安装

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如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE))安装包("BiocManager")

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文档

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超文本标记语言	R脚本	简介
超文本标记语言	R脚本	来自scRNA-seq的通路活性活性推断
超文本标记语言	R脚本	散装RNA-seq中的通路活性推断
超文本标记语言	R脚本	来自scRNA-seq的转录因子活性推断
超文本标记语言	R脚本	散装RNA-seq中的转录因子活性推断
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文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneRegulation，网络，软件，StatisticalMethod，转录
版本	测试盒框
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	扫帚，dplyr，magrittr，矩阵，purrr，rlang统计数据,stringr，宠物猫，tidyr，tidyselect，withr
链接
建议	glmnet(> = 4.1.0),GSVA，毒蛇，fgsea(> = 1.15.4),AUCell，SummarizedExperiment，rpart，管理员，BiocStyle，covr，knitr，pkgdown，RefManageR，rmarkdown，roxygen2，sessioninfo，pheatmap，testthat，OmnipathR，修拉，ggplot2，ggrepel，拼接而成
SystemRequirements
增强了
URL	https://saezlab.github.io/decoupleR/
BugReports	https://github.com/saezlab/decoupleR/issues
全靠我
进口我	后代
建议我
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包档案

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源包	decoupleR_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	decoupleR_2.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	decoupleR_2.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	decoupleR_2.3.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/decoupleR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/去耦
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/decoupleR/
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