dasper

DOI:10.18129 / B9.bioc.dasper

从rna测序数据中检测异常剪接事件

Bioconductor版本:发行版(3.16)

dasper的目的是从RNA-seq数据中检测异常剪接事件。dasper将使用来自RNA-seq的连接和覆盖数据作为输入，以计算患者中每个剪接事件与一组用户定义控制的偏差。Dasper使用一种无监督的离群值检测算法对患者的每个剪接事件进行评分，用一个离群值评分代表剪接事件看起来异常的程度。

作者:David Zhang [aut, cre]，李奥纳多·科拉多-托雷斯[ctb]

维护者:David Zhang < David . Zhang。12在ucl.ac.uk>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“dasper”)

超文本标记语言	R脚本	dasper简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing,报道,RNASeq,测序,软件,转录组
版本	1.7.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0)
进口	蛇怪,BiocFileCache,BiocParallel,data.table,dplyr,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,GenomicRanges,ggplot2,ggpubr,ggrepel、网格IRanges,magrittr,megadepth、方法、plyranges,readr,网状,rtracklayer,S4Vectors,stringr,SummarizedExperiment,tidyr
链接
建议	AnnotationFilter,BiocStyle,covr,ensembldb,GenomicState,knitr,生命周期,减价,重新计票,RefManageR,rmarkdown,sessioninfo,testthat,宠物猫
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/dzhang32/dasper
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/dasper
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构建报告

包档案

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源包	dasper_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	dasper_1.8.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dasper
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/dasper
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dasper/
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