dasper

DOI:10.18129 / B9.bioc.dasper

从rna测序数据中检测异常剪接事件

Bioconductor版本:发行版(3.16)

dasper的目的是从RNA-seq数据中检测异常剪接事件。dasper将使用来自RNA-seq的连接和覆盖数据作为输入,以计算患者中每个剪接事件与一组用户定义控制的偏差。Dasper使用一种无监督的离群值检测算法对患者的每个剪接事件进行评分,用一个离群值评分代表剪接事件看起来异常的程度。

作者:David Zhang [aut, cre],李奥纳多·科拉多-托雷斯[ctb]

维护者:David Zhang < David . Zhang。12在ucl.ac.uk>

引文(从R内,输入引用(“dasper”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“dasper”)

超文本标记语言 R脚本 dasper简介
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews AlternativeSplicing,报道,RNASeq,测序,软件,转录组
版本 1.7.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.0)
进口 蛇怪,BiocFileCache,BiocParallel,data.table,dplyr,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,GenomicRanges,ggplot2,ggpubr,ggrepel、网格IRanges,magrittr,megadepth、方法、plyranges,readr,网状,rtracklayer,S4Vectors,stringr,SummarizedExperiment,tidyr
链接
建议 AnnotationFilter,BiocStyle,covr,ensembldb,GenomicState,knitr,生命周期,减价,重新计票,RefManageR,rmarkdown,sessioninfo,testthat,宠物猫
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/dzhang32/dasper
BugReports https://support.bioconductor.org/t/dasper
全靠我
进口我 奥得河
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 dasper_1.7.0.tar.gz
Windows二进制 dasper_1.8.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dasper
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/dasper
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/dasper/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网