cyanoFilter

DOI:10.18129 / B9.bioc.cyanoFilter

浮游植物种群鉴定使用细胞色素和/或复杂性

Bioconductor版本:版本(3.16)

一种方法来过滤和/或识别从所有粒子测量浮游植物细胞通过流式细胞术和细胞色素复杂信息。它使用一个一维序列盖茨在预定义的频道测量某些色素和复杂性。包是特别针对蓝藻,但将对浮游植物群落,至少有一个浮游植物细胞特征,区分每一个社区。

aut作者:Oluwafemi Olusoji (cre), Aerts马克[所有],Delaender弗雷德里克(施),Neyens托马斯(施),亨利jurg (aut)

维护人员:Oluwafemi Olusoji < Oluwafemi。在uhasselt.be olusoji >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cyanoFilter”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“cyanoFilter”)

HTML	R脚本	cyanoFilter:半自动框架识别Phytplanktons和蓝藻在流式细胞术
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,FlowCytometry,OneChannel,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	Biobase,flowCore,flowDensity,flowClust,cytometree,ggplot2,GGally、图形grDevices、方法mrfDepth统计,跑龙套
链接
建议	magrittr,dplyr,purrr,knitr,stringr,rmarkdown,tidyr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/fomotis/cyanoFilter
BugReports	https://github.com/fomotis/cyanoFilter/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cyanoFilter_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	cyanoFilter_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	cyanoFilter_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	cyanoFilter_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cyanoFilter
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cyanoFilter
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/cyanoFilter/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cyanoFilter/
包下载报告	下载数据