crisprScore

DOI:10.18129 / B9.bioc.crisprScore

CRISPR gRNAs的靶上和靶外评分算法

Bioconductor版本:发行版(3.16)

为CRISPR引导rna (gRNAs)提供几种靶上和靶外评分方法的R包装器。支持的核酸酶有:SpCas9、AsCas12a、enAsCas12a和RfxCas13d (CasRx)。靶上切割效率评分方法有RuleSet1、Azimuth、DeepHF、DeepCpf1、enPAM+GB、CRISPRscan。CFD和MIT评分方法均可用于脱靶特异性预测。该软件包还提供了一个lindel派生的评分，以预测gRNA产生诱导Cas9核酸酶移码的嵌段的概率。注意，DeepHF、DeepCpf1和enPAM+GB在Windows机器上不可用。

作者:Jean-Philippe Fortin [aut, cre, cph]， Aaron Lun [aut]， Luke Hoberecht [ctb]， Pirunthan Perampalam [ctb]

维护:Jean-Philippe Fortin

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("crisprScore")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“crisprScore”)

超文本标记语言	R脚本	crisprScore
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CRISPR，FunctionalGenomics，FunctionalPrediction，软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1),crisprScoreData(> = 1.1.3)
进口	蛇怪(> = 1.9.2),basilisk.utils(> = 1.9.1),BiocGenerics，Biostrings，IRanges、方法、randomForest，网状，stringr跑龙套,XVector
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/crisprVerse/crisprScore/issues
BugReports	https://github.com/crisprVerse/crisprScore
取决于我
进口我	crisprDesign，crisprVerse
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	crisprScore_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	crisprScore_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	crisprScore_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	crisprScore_1.1.17.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crisprScore
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ crisprScore
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/crisprScore/
包下载报告	下载数据