cosmosR

DOI:10.18129 / B9.bioc.cosmosR

COSMOS(因果导向的多组空间搜索)

Bioconductor版本:发行版(3.16)

COSMOS(因果导向的多组空间搜索)是一种基于信号、代谢和基因调控网络的先验知识,集成磷蛋白组学、转录组学和代谢组学数据集的方法。它估计了转录因子和激酶的活性,并发现了网络水平的因果推理。因此,COSMOS为跨多组学数据集的实验观测提供了机制假设。

作者:Aurélien Dugourd [aut],阿提拉·加伯[cre],卡塔琳娜·齐恩布尔[au]

维护者:Attila Gabor < Attila。Gabor在uni-heidelberg.de>

引文(从R内,输入引用(“cosmosR”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“cosmosR”)

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PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews CellBiologyGeneSignaling代谢组学网络通路蛋白质组学软件转录组
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.1)
进口 狂欢节多萝西娅dplyrGSEABaseigraph进步purrrrlangstringr跑龙套,visNetwork
链接
建议 testthatknitrrmarkdown钢琴ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/saezlab/COSMOSR
BugReports https://github.com/saezlab/COSMOSR/issues
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源包 cosmosR_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 cosmosR_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) cosmosR_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) cosmosR_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cosmosR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cosmosR
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/cosmosR/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/cosmosR/
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