consensusOV

DOI:10.18129 / B9.bioc.consensusOV

基于基因表达的高级别浆液性卵巢癌亚型分类

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该包实现了Helland等人(PLoS One, 2011)、Bentink等人(PLoS One, 2012)、Verhaak等人(J clinin Invest, 2013)和Konecny等人(J Natl cancer Inst, 2014)所描述的高级别浆液性(HGS)卵巢癌的四个主要亚型分类器。此外,该软件包实现了一个共识分类器,它巩固和改进了所提出的亚型分类器的稳健性,从而为明确界定亚型的HGS卵巢肿瘤患者提供可靠的分层。

作者:Gregory M Chen, Lavanya Kannan, Ludwig Geistlinger, Victor Kofia, Levi Waldron, Benjamin habe- kains

维护者:Benjamin Haibe-Kains < Benjamin .haibe。Kains at utoronto.ca>

引文(从R内,输入引用(“consensusOV”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“consensusOV”)

超文本标记语言 R脚本 卵巢癌的分子分型
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 分类聚类DifferentialExpressionGeneExpression微阵列软件转录组
版本 1.20.0
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.6)
进口 BiobaseGSVAgdatagenefulimmamatrixStatsrandomForest,统计,utils,方法
链接
建议 BiocStyleggplot2knitrrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL http://www.pmgenomics.ca/bhklab/software/consensusOV
BugReports https://github.com/bhklab/consensusOV/issues
全靠我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 consensusOV_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 consensusOV_1.20.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) consensusOV_1.20.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) consensusOV_1.20.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/consensusOV
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/consensusOV
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/consensusOV/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/consensusOV/
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