consensusDE

DOI:10.18129 / B9.bioc.consensusDE

使用多个RNA-seq分析算法

Bioconductor版本:版本(3.17)

这个包允许用户执行DE分析使用多个算法。它从多个方法寻求共识。目前它支持“轰”,“磨边机”和“DESeq”。它使用RUV-seq(可选),删除不需要的变异来源。

作者:阿什利·j·Waardenberg (aut (cre),玛莎·m·库珀(施)

维护人员:阿什利·j . Waardenberg <。在gmail.com waardenberg >

从内部引用(R,回车引用(“consensusDE”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“consensusDE”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“consensusDE”)

HTML R脚本 consensusDE
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文本 新闻

细节

biocViews 聚类,MultipleComparison,测序,软件,转录组
版本 1.18.0
Bioconductor自 BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 3.5),BiocGenerics
进口 气道,AnnotationDbi,BiocParallel,Biobase,Biostrings、数据。表、dendextendDESeq2(> = 1.20.0),EDASeq,ensembldb,刨边机,EnsDb.Hsapiens.v86,GenomicAlignments,GenomicFeatures,limma,org.Hs.eg.db,pcaMethodsRColorBrewer,Rsamtools,RUVSeq,S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,跑龙套
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 consensusDE_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 consensusDE_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64) consensusDE_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64) consensusDE_1.17.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/consensusDE
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ consensusDE
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/consensusDE/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/consensusDE/
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