compcodeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.compcodeR

RNAseq数据仿真、差分表达式分析和差分表达式方法性能比较

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该包提供了广泛的功能，用于比较RNAseq数据的差异表达式分析的不同方法获得的结果。它还包含模拟计数数据的函数。最后，它为执行差分表达式分析的几个包提供了方便的接口。这些也可以用作在包的框架内设置和运行用户定义的差异分析工作流的模板。

作者:Charlotte Soneson [aut, cre]，保罗·巴斯提德[au]， Mélina Gallopin [aut] (0000-0002-2431-7825)

维护者:Charlotte Soneson

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“compcodeR”)

超文本标记语言	R脚本	compcodeR
超文本标记语言	R脚本	phylocompcodeR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，ImmunoOncology，RNASeq，软件
版本	1.34.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(8.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 4.0)，sm
进口	tcltk,knitr(> = 1.2),减价，ROCR，晶格(> = 0.16),gplots，gtools，caTools、网格KernSmooth，质量，ggplot2，stringr，模式，刨边机，limma，vioplot，方法，统计，utils，猿，phylolm，matrixStats， grDevices，图形
链接
建议	BiocStyle，EBSeq，DESeq2(> = 1.1.31),baySeq(> = 2.2.0),genefilter，NOISeq，移行细胞癌，NBPSeq(> = 0.3.0),rmarkdown，phytools，phangorn，testthat，ggtree，tidytree，statmod，covr
SystemRequirements
增强了	rpanel，DSS
URL	https://github.com/csoneson/compcodeR
BugReports	https://github.com/csoneson/compcodeR/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	compcodeR_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	compcodeR_1.34.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	compcodeR_1.34.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	compcodeR_1.33.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/compcodeR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/compcodeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/compcodeR/
软件包下载报告	下载数据