compartmap

DOI:10.18129 / B9.bioc.compartmap

高阶染色质从scRNA-seq和scATAC-seq域推理在单个细胞

Bioconductor版本:版本(3.17)

Compartmap执行高阶染色质scRNA-seq和scATAC-seq的直接推论。这个方案实现了一个James-Stein估计计算单细胞水平高阶染色质域。进一步,我们利用随机矩阵理论作为一个方法来de-noise相关矩阵来实现类似“plaid-like”模式中观察到高c和scHi-C数据。

作者:本杰明·约翰逊(aut (cre)蒂姆Triche (aut),回族沈(aut) Kasper汉森(aut),让-菲利普•福丁(aut)

维护人员:本杰明·约翰逊<本。约翰逊在vai.org >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“compartmap”)

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HTML	R脚本	高阶染色质与compartmap推理
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ATACSeq,表观遗传学,遗传学,RNASeq,SingleCell,软件
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0),SummarizedExperiment,RaggedExperiment,BiocSingular,HDF5Array
进口	GenomicRanges、平行、网格ggplot2 reshape2,尺度,DelayedArray,rtracklayer,DelayedMatrixStats矩阵,RMTstat
链接
建议	covr、testthat knitr、Rcpp rmarkdown减价
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/biobenkj/compartmap
BugReports	https://github.com/biobenkj/compartmap/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	compartmap_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	compartmap_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64)	compartmap_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64)	compartmap_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/compartmap
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ compartmap
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/compartmap/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/compartmap/
包下载报告	下载数据