compEpiTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.compEpiTools

工具计算表观基因组学

Bioconductor版本:版本(3.17)

分析计算表观基因组学工具开发,集成和同步可视化的各种跨多个基因组(epi)基因组学数据类型地区多个样本。

作者:马狄亚(aut),卡基肖尔(aut) Mattia可•福尔兰正(施,cre)

维护人员:Mattia可•福尔兰正< Mattia。可•福尔兰正在iit.it >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“compEpiTools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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PDF	R脚本	compEpiTools.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道,GeneExpression,GenomeAnnotation,测序,软件,可视化
版本	1.34.1
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(8.5年)
许可证	GPL
取决于	R(> = 3.5.0)、方法topGO,GenomicRanges
进口	AnnotationDbi,BiocGenerics,Biostrings,Rsamtools、平行、grDevices gplots,IRanges,GenomicFeatures,XVector,methylPipe,GO.db,S4Vectors,GenomeInfoDb
链接
建议	BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,org.Mm.eg.dbknitr,rtracklayer
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	compEpiTools_1.34.1.tar.gz
Windows二进制	compEpiTools_1.34.1.zip
macOS二进制(x86_64)	compEpiTools_1.34.1.tgz
macOS二进制(arm64)	compEpiTools_1.34.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/compEpiTools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ compEpiTools
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/compEpiTools/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/compEpiTools/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档