可乐

DOI:10.18129 / B9.bioc.cola

共识分区框架

Bioconductor版本:发行版(3.16)

亚群分类是基因组数据分析的一项基础工作，尤其是基因表达和DNA甲基化数据分析。也可用于检验已知临床注释的一致性，或检验是否存在显著的批处理效应。cola包提供了通过共识分区进行子组分类的一般框架。它具有以下特点:它将共识划分过程模块化，可以方便地集成各种方法。2.它为解释结果提供了丰富的可视化。3.它允许同时运行多个方法，并提供了直接比较结果的功能。4. It provides a new method to extract features which are more efficient to separate subgroups. 5. It automatically generates detailed reports for the complete analysis. 6. It allows applying consensus partitioning in a hierarchical manner.

作者:顾祖光[aut, cre]

维护人员:Zuguang Gu

安装

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细节

biocViews	分类，聚类，GeneExpression，软件
版本	测试盒框
Bioconductor自	BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	grDevices，图形，网格，统计，工具，ComplexHeatmap2.5.4 (> =)matrixStats，GetoptLong，circlize(> = 0.4.7),GlobalOptions(> = 0.1.0),线索平行,RColorBrewer，集群，skmeans，png，mclust，蜡笔、方法、xml2，微基准测试，httr，knitr，减价，消化，嫁祸于，酿造，Rcpp(> = 0.11.0)它,BiocGenerics，eulerr，foreach，doParallel，irlba
链接	Rcpp
建议	genefilter，mvtnorm，testthat(> = 0.3),samr，pamr，kohonen，NMF，WGCNA，Rtsne，umap，clusterProfiler，ReactomePA，剂量，AnnotationDbi，gplots，hu6800.db，BiocManager，data.tree，dendextend，彩色，rmarkdown，simplifyEnrichment，cowplot，flexclust，randomForest，e1071
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jokergoo/colahttps://jokergoo.github.io/cola_collection/
取决于我
进口我
建议我	InteractiveComplexHeatmap，simplifyEnrichment
我的链接
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包档案

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源包	cola_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	cola_2.4.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	cola_2.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	cola_2.3.5.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cola
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/可乐
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cola/
包下载报告	下载数据