Cogena
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doi：10.18129/b9.bioc.cogena
共表达基因元素富集分析
生物导体版本：版本（3.15）
Cogena是共表达基因富集分析的工作流程。它的目的是发现较小的量表，但可能具有很大的生物学相关性相关的细胞事件。提出了一种基于Cogena工作流程的药物发现和药物重新定位的新型管道。特别是，可以根据疾病相关数据的基因表达来预测候选药物，也可以根据药物相关数据的基因表达来鉴定其他类似药物。此外，可以通过相关途径分析披露药物的作用方式。总之，Cogena是用于共表达基因的各种基因集富集分析的灵活工作流程，重点是途径/GO分析和药物重新定位。
作者：Zhilong Jia [AUT，CRE]，Michael Barnes [AUT]
维护者：gmail.com上的jhilong jia
引用（从r内，输入引用（“ cogena”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
如果（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ cogena”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Cogena”）
| R脚本 | Cogena的工作流程 | |
| html | R脚本 | Cogena，一种基因集富集共表达基因的工作流程 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 聚类，，，，DataImport，，，，datarepresentation，，，，去，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，kegg，，，，微阵列，，，，途径，，，，测序，，，，软件，，，，系统生物学，，，，可视化 |
| 版本 | 1.30.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.1（R-3.2）（7年） |
| 执照 | LGPL-3 |
| 要看 | r（> = 3.6），簇，，，，GGPLOT2，，，，Kohonen |
| 进口 | 方法，班级，，，，GPLOTS，，，，mclust，，，，一张地图，，，，APCLUSTER，，，，foreach， 平行，多帕尔，，，，快速积分，，，，Corrplot，，，，Biwt，，，，生物酶，，，，RESHAPE2，，，，Stringr，，，，蒂布尔，，，，花花公子，，，，dplyr，，，，DevTools |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，rmarkDown（> = 2.1） |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/zhilongjia/cogena |
| BugReports | https://github.com/zhilongjia/cogena/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | cogena_1.30.0.tar.gz |
| Windows二进制 | cogena_1.30.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | cogena_1.30.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cogena |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/cogena |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/cogena/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
