clusterProfiler

DOI:10.18129 / B9.bioc.clusterProfiler

解释组学数据的通用丰富工具

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包支持数千个物种的编码和非编码基因组数据的功能特征，并提供最新的基因注释。它为来自各种来源的基因功能注释提供了一个通用接口，因此可以应用于不同的场景。它提供了一个整洁的界面来访问、操作和可视化丰富的结果，以帮助用户实现高效的数据解释。从多个处理和时间点获得的数据集可以在一次运行中进行分析和比较，轻松揭示不同条件之间的功能共识和差异。

作者:余光创[aut, cre, cph]、王立根[ctb]，胡尔强[ctb]，罗晓[ctb]，陈美军[ctb]，乔瓦尼·达尔奥利奥[ctb]，魏万茜[ctb]，高春辉[ctb]

维护人员:guangchuangyu

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“clusterProfiler”)

超文本标记语言	R脚本	基因和基因簇功能谱的统计分析和可视化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，聚类，去，GeneSetEnrichment，KEGG，MultipleComparison，通路，Reactome，软件，可视化
版本	4.6.0
在Bioconductor	BioC 2.8 (R-2.13)(11.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	AnnotationDbi，下载器，剂量(> = 3.23.2),dplyr，enrichplot1.9.3 (> =)GO.db，GOSemSim，gson(> = 0.0.7),magrittr、方法、plyr，qvalue，rlang统计数据,tidyr跑龙套,yulab.utils
链接
建议	AnnotationHub，knitr，rmarkdown，org.Hs.eg.db，prettydoc，ReactomePA，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/(文档)https://doi.org/10.1016/j.xinn.2021.100141(纸)
BugReports	https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues
全靠我	maEndToEnd
进口我	bioCancer，CEMiTool，CeTF，conclus，debrowser，EasyCellType，eegc，enrichTF，esATAC，ExpHunterSuite，famat，fcoex，GDCRNATools，goSorensen，IRISFGM，MAGeCKFlute，比喻，methylGSA，MicrobiomeProfiler，miRspongeR，MoonlightR，multiSight，netboxr，PanomiR，亲，Pigengene，recountWorkflow，RNASeqR，signatureSearch，TCGAbiolinksGUI，TCGAWorkflow，TimiRGeN
建议我	ChIPseeker，可乐，DAPAR，剂量，enrichplot，EpiCompare，epihet，EpiMix，GeneTonic，GenomicSuperSignature，GOSemSim，GRaNIE，GSEAmining，MesKit，org.Mxanthus.db，paxtoolsr，ReactomePA，rrvgo，scGPS，simplifyEnrichment，TCGAbiolinks，tidybulk，vsclust
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	clusterProfiler_4.6.0.tar.gz
Windows二进制	clusterProfiler_4.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	clusterProfiler_4.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clusterProfiler
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/clusterProfiler
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/clusterProfiler/
软件包下载报告	下载数据