clusterExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.clusterExperiment

比较单细胞测序的聚类

Bioconductor版本:发行版(3.16)

提供运行和比较单细胞测序数据或其他大型mRNA Expression数据集的许多不同聚类的功能。

作者:Elizabeth Purdom [aut, cre, cph]， Davide Risso [aut]

维护者:Elizabeth Purdom

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“clusterExperiment”)

超文本标记语言	R脚本	clusterExperiment装饰图案
超文本标记语言	R脚本	使用大型数据集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，RNASeq，测序，SingleCell，软件
版本	2.18.1
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.6.0)，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment(> = 1.15.4),BiocGenerics
进口	方法,NMF，RColorBrewer，猿(> = 5.0),集群统计数据,limma，多少，locfdr，matrixStats，图形，并行，BiocSingular，kernlab，stringr，S4VectorsgrDevices,DelayedArray(> = 0.7.48),HDF5Array(> = 1.7.10),矩阵，Rcpp，刨边机，尺度，zinbwave，phylobase，pracma，mbkmeans
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，knitr，testthat，桅杆，Rtsne，食物，igraph，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/epurdom/clusterExperiment/issues
全靠我	netSmooth
进口我
建议我	netDx，弹弓，tradeSeq
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	clusterExperiment_2.18.1.tar.gz
Windows二进制	clusterExperiment_2.18.1.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	clusterExperiment_2.18.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)	clusterExperiment_2.18.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clusterExperiment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/clusterExperiment
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/clusterExperiment/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/clusterExperiment/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档