clustComp

DOI:10.18129 / B9.bioc.clustComp

聚类比较包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

clustComp是一个包，它实现了几种技术，用于比较和可视化不同集群结果之间的关系，无论是平面与平面还是分层与平面。这些簇之间的关系使用加权双图来显示，其中节点代表簇，边缘连接非空交集的节点对;每条边的权重是该交点中元素的数量，并通过边缘厚度显示。双图的最佳布局由重心算法提供，该算法使加权交叉数最小。在比较层次化聚类和非层次化聚类的情况下，树状图在不同的高度被修剪，通过从根开始的深度优先搜索探索树来选择。分支根据评分函数的值来划分，评分函数可以基于双图的美感，也可以基于层次聚类和平面聚类之间的相互信息。每一侧的集群组之间的映射是用贪婪算法构造的，并且可以额外可视化。

作者:Aurora Torrente和Alvis Brazma。

维护程序:Aurora Torrente < Aurora at ebi.ac.uk>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" clustercomp ")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“clustComp”)

PDF	R脚本	clustercompp包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，GeneExpression，软件，可视化
版本	1.26.0
在Bioconductor公司	BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.3)
进口	sm，统计，图形，grDevices
链接
建议	Biobase，colonCA，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	clustComp_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	clustComp_1.26.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	clustComp_1.26.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	clustComp_1.26.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/clustComp
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ clustercomp
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/clustComp/
软件包下载报告	下载数据