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cleanUpdTSeq
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DOI:10.18129 / B9.bioc.cleanUpdTSeq
cleanUpdTSeq清除来自寡聚(dT)介导的3'端RNA测序数据的多聚腺苷酸位点的伪产物
Bioconductor版本:发行版(3.16)
该包实现了朴素贝叶斯分类器，通过过滤虚假的多聚腺苷酸化位点，准确区分真实的多聚腺苷酸化位点(pA位点)和寡聚(dT)介导的3'端测序，如PAS-Seq, PolyA-Seq和RNA-Seq，主要是由于反转录过程中寡聚(dT)介导的内部启动。分类器是高度准确的，优于其他启发式方法。
作者:Sarah Sheppard，刘海波，欧建宏，Nathan Lawson, Julie Zhu
维护者:欧建宏<建宏。Ou在duke.edu>;朱丽华<朱丽。在umassmed.edu>
引文(从R内，输入引用(“cleanUpdTSeq”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“cleanUpdTSeq”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | cleanUpdTSeq装饰图案 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 3'端测序，测序，软件，内部启动，聚腺苷酸化网站 |
| 版本 | 1.36.0 |
| 在Bioconductor | BioC 2.13 (R-3.0)(9年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | R (>= 3.5.0)，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7、方法 |
| 进口 | BSgenome，GenomicRanges，seqinr，e1071，Biostrings，GenomeInfoDb，IRanges跑龙套,stringr统计数据,S4Vectors |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，rmarkdown，knitr，RUnit，BiocGenerics(> = 0.1.0) |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | InPAS |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | cleanUpdTSeq_1.36.0.tar.gz |
| Windows二进制 | cleanUpdTSeq_1.36.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | cleanUpdTSeq_1.36.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | cleanUpdTSeq_1.35.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cleanUpdTSeq |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cleanUpdTSeq |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/cleanUpdTSeq/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
