cfDNAPro

DOI:10.18129 / B9.bioc.cfDNAPro

cfDNAPro从全基因组测序数据提取和展现生物特性的无细胞的DNA

Bioconductor版本:版本(3.17)

cfDNA碎片携带重要特性构建癌症样本分类毫升模型,如片段大小,和片段结束主题等分析和可视化片段大小指标,以及其他生物功能策划,标准化的、可伸缩的,证据确凿的,可再生的方法可能是费时。这个包打算解决这些问题和简化过程。它提供了两套cfDNA特性描述和可视化的功能。

作者:Haichao王(aut (cre),回族赵(施),陈Elkie[所有],克里斯托弗·史密斯(施),托马卡普兰(施),Florian Markowetz[所有],Nitzan罗森菲尔德(施)

维护人员:王Haichao < hw538在cam.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cfDNAPro”)

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文档

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HTML	R脚本	cfDNAPro教程
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文本		新闻

细节

biocViews	测序,软件,可视化,WholeGenome
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1.0), magrittr (> = 1.5.0)
进口	宠物猫,GenomicAlignments,IRanges,plyranges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,BiocGenerics,统计,跑龙套,dplyr (> = 0.8.3) stringr (> = 1.4.0) quantmod (> = 0.4), ggplot2 (> = 3.2.1),Rsamtools(> =测试盒框),rlang (> = 0.4.0),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38
链接
建议	尺度、ggpubr knitr (> = 1.23), rmarkdown (> = 1.14), devtools (> = tripwire),BiocStyle,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hw538/cfDNAPro
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cfDNAPro_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	cfDNAPro_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	cfDNAPro_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	cfDNAPro_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cfDNAPro
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cfDNAPro
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/cfDNAPro/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cfDNAPro/
包下载报告	下载数据