celda

DOI:10.18129 / B9.bioc.celda

细胞潜狄利克雷分配

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Celda是一套用于聚类单细胞rna测序(scRNA-seq)数据的贝叶斯层次模型。它能够进行“双聚类”，同时将基因聚类成基因模块，将细胞聚类成细胞亚群。它还包含DecontX，一种新的贝叶斯方法，可以在没有空液滴信息的情况下计算估计和去除单个细胞中的RNA污染。还包括各种scRNA-seq数据可视化功能。

作者:Joshua Campbell [aut, cre]，杨士义[aut]，王哲[aut]， Sean Corbett [aut]，古贺佑介[aut]

维护者:Joshua Campbell

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("celda")

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文档

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browseVignettes(“celda”)

超文本标记语言	R脚本	用celda分析单细胞基因组数据
超文本标记语言	R脚本	用DecontX估计并去除单细胞数据中周围RNA的交叉污染
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯，聚类，DataImport，GeneExpression，ImmunoOncology，测序，SingleCell，软件
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0),SingleCellExperiment，矩阵
进口	plyr，foreach，ggplot2，RColorBrewer、网格尺度，gtablegrDevices图形,matrixStats，doParallel，消化、方法、reshape2，S4Vectors，data.table，Rcpp，RcppEigen，uwot，enrichR，SummarizedExperiment，MCMCprecision，ggrepel，Rtsne，withr，嘘(> = 1.14.4),食物，dbscan，DelayedArray，stringr，ComplexHeatmap，multipanelfigure，circlize
链接	Rcpp，RcppEigen
建议	testthat，knitr，roxygen2，rmarkdown，biomaRt，covr，BiocManager，BiocStyle，TENxPBMCData，singleCellTK，M3DExampleData
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/campbio/celda/issues
取决于我
进口我	singleCellTK
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	celda_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	celda_1.14.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	celda_1.14.0.tgz
macOS二进制(arm64)	celda_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/celda
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ celda
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/celda/
包下载报告	下载数据