ccfindR

DOI:10.18129 / B9.bioc.ccfindR

癌症克隆仪

Bioconductor版本:版本(3.17)

癌症基因组数据聚类分析工具的集合,包括单细胞RNA-seq。细胞集群和特征基因选择分析采用贝叶斯(和最大似然)非负矩阵分解(NMF)算法。输入数据集包括RNA数矩阵,基因和细胞条形码注释。分析输出系数矩阵为多个等级为每个等级和边际似然值。军售计划包括下游分析工具,包括meta-gene识别、可视化的rank-based树木和建筑集群。

作者:小君吸引(aut (cre),金华王(aut)

维护人员:6月吸引< jwoo umn.edu >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ccfindR”)

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HTML	R脚本	使用贝叶斯ccfindR:单细胞RNA-seq分析非负矩阵因子分解
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细节

biocViews	贝叶斯,聚类,ImmunoOncology,SingleCell,软件,转录组
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	统计数据,S4Vectors跑龙套,方法,矩阵,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,图形Rtsne grDevices、gtools RColorBrewer,猿,Rmpi, irlba, Rcpp, Rdpack (> = 0.7)
链接	Rcpp, RcppEigen
建议	BiocStyle、knitr rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	http://dx.doi.org/10.26508/lsa.201900443
取决于我
进口我
建议我	MutationalPatterns
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ccfindR_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	ccfindR_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)	ccfindR_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ccfindR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ccfindR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ccfindR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ccfindR/
包下载报告	下载数据