categoryCompare

DOI:10.18129 / B9.bioc.categoryCompare

使用特征注释的高通量实验元分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

计算两个(或多个)特征(即基因)列表中的每个特征(即基因)中的重要注释(类别)，确定注释之间的重叠，并返回关于重要注释的图形和表格数据，以及哪些特征列表组合的注释被发现是显著的。交互式探索可以通过使用RCytoscape(强烈建议使用)来实现。

作者:Robert M. Flight

维护者:Robert M. Flight

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“categoryCompare”)

超文本标记语言	R脚本	categoryCompare:使用基因注释的高通量数据元分析
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细节

biocViews	注释，去，GeneExpression，MultipleComparison，通路，软件
版本	1.42.0
在Bioconductor	BioC 2.10 (R-2.15)(10.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 2.10)，Biobase，BiocGenerics(> = 0.13.8)
进口	AnnotationDbi，hwriter，GSEABase，类别(> = 2.33.1),GOstats，注释，色彩，图，RCy3(>= 1.99.29)，方法，grDevices, utils
链接
建议	knitr，GO.db，KEGGREST，雌激素，org.Hs.eg.db，hgu95av2.db，limma，affy，genefilter，rmarkdown
SystemRequirements	细胞图(>= 3.6.1)(如果用于结果可视化，强烈建议)
增强了
URL	https://github.com/rmflight/categoryCompare
BugReports	https://github.com/rmflight/categoryCompare/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	categoryCompare_1.42.0.tar.gz
Windows二进制	categoryCompare_1.42.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	categoryCompare_1.42.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	categoryCompare_1.42.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/categoryCompare
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/categoryCompare
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/categoryCompare/
软件包下载报告	下载数据