cTRAP

DOI:10.18129 / B9.bioc.cTRAP

识别候选人从微分因果扰动基因表达数据

Bioconductor版本:版本(3.16)

比较结果与已知的基因差异表达细胞扰动(如基因混战,过度或小分子)的连接图。这种分析不仅可以推断分子会导致观察到的差异基因表达来确定小分子可以开车或恢复特定的转录组变化。

作者:贝尔纳多·德·阿尔梅达(aut)努诺·Saraiva-Agostinho (aut (cre),努诺·l·Barbosa-Morais (aut,)

维护人员:努诺·Saraiva-Agostinho < nunodanielagostinho gmail.com >

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HTML	R脚本	cTRAP:从微分因果扰动识别候选基因表达数据
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细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,通路,RNASeq,软件,转录组
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	AnnotationDbi,AnnotationHub,binr,cowplot,data.table,dplyr,DT,fastmatch,fgsea,ggplot2,ggrepel、图形、highcharter,htmltools,httr,limma、方法、并行pbapply,purrr,qs,R.utils,readxl,reshape2,rhdf5,rlang,尺度,闪亮的(> = 1.7.0),shinycssloaders统计数据,宠物猫、工具、跑龙套
链接
建议	testthat,knitr,covr,rmarkdown,拼写,biomaRt,遥控器
SystemRequirements
增强了
URL	https://nuno-agostinho.github.io/cTRAPhttps://github.com/nuno-agostinho/cTRAP
BugReports	https://github.com/nuno-agostinho/cTRAP/issues
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包档案

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源包	cTRAP_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	cTRAP_1.16.0.zip
macOS二进制(x86_64)	cTRAP_1.16.0.tgz
macOS二进制(arm64)	cTRAP_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cTRAP
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cTRAP
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/cTRAP/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cTRAP/
包下载报告	下载数据