- 家
- Bioconductor 3.17
- 软件包
- breakpointR
breakpointR
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DOI:10.18129 / B9.bioc.breakpointR
在Strand-seq找到断点数据
Bioconductor版本:版本(3.17)
这个方案实现了功能寻找断点,策划和Strand-seq出口数据。
作者:大卫•Porubsky阿什利·桑德斯,亚伦Taudt
维护人员:大卫Porubsky <大卫。在gmail.com porubsky >
从内部引用(R,回车引用(“breakpointR”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“breakpointR”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“breakpointR”)
| R脚本 | 如何使用breakpointR | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | 报道,DNASeq,测序,SingleCell,软件 |
| 版本 | 1.18.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年) |
| 许可证 | 文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 3.5),GenomicRangescowplot,breakpointRdata |
| 进口 | 方法、跑龙套grDevices,统计数据,S4Vectors,GenomeInfoDb(> = 1.12.3),IRanges,Rsamtools,GenomicAlignmentsggplot2,BiocGenerics,doParallel gtools foreach |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,BiocStyle,testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/daewoooo/BreakPointR |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | breakpointR_1.18.0.tar.gz |
| Windows二进制 | breakpointR_1.18.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | breakpointR_1.18.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | breakpointR_1.17.1.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/breakpointR |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ breakpointR |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/breakpointR/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/breakpointR/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
