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bnem
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DOI:10.18129 / B9.bioc.bnem
从微扰实验的间接测量中训练逻辑模型
Bioconductor版本:发行版(3.16)
bnem结合使用间接测量嵌套效应模型(包mnem)与布尔网络的CellNOptR。细胞信号节点的扰动实验分析了它们对全球基因表达谱的影响。这些配置文件为网络中下游节点的布尔调节提供了证据，例如，两个父节点是独立激活子节点(or -gate)还是联合激活子节点(AND-gate)。
作者:Martin Pirkl [aut, cre]
维护者:Martin Pirkl
引文(从R内，输入引用(“bnem”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“bnem”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | bnem.html |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | GeneExpression，GeneRegulation，网络，NetworkInference，通路，预处理，软件，SystemsBiology |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 4.1) |
| 进口 | CellNOptR，matrixStats，降雪，Rgraphviz，集群，flexclust统计数据,RColorBrewer，epiNEM，mnem，Biobase，方法，utils，图形，图，affy，binom，limma，股东价值分析，vsn，rmarkdown |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，BiocGenerics |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/MartinFXP/bnem/ |
| BugReports | https://github.com/MartinFXP/bnem/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | bnem_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | bnem_1.6.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | bnem_1.6.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | bnem_1.6.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bnem |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/bnem |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/bnem/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/bnem/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
