bnem

DOI:10.18129 / B9.bioc.bnem

从微扰实验的间接测量中训练逻辑模型

Bioconductor版本:发行版(3.16)

bnem结合使用间接测量嵌套效应模型(包mnem)与布尔网络的CellNOptR。细胞信号节点的扰动实验分析了它们对全球基因表达谱的影响。这些配置文件为网络中下游节点的布尔调节提供了证据,例如,两个父节点是独立激活子节点(or -gate)还是联合激活子节点(AND-gate)。

作者:Martin Pirkl [aut, cre]

维护者:Martin Pirkl

引文(从R内,输入引用(“bnem”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“bnem”)

超文本标记语言 R脚本 bnem.html
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文本 新闻

细节

biocViews GeneExpressionGeneRegulation网络NetworkInference通路预处理软件SystemsBiology
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.1)
进口 CellNOptRmatrixStats降雪Rgraphviz集群flexclust统计数据,RColorBrewerepiNEMmnemBiobase,方法,utils,图形,affybinomlimma股东价值分析vsnrmarkdown
链接
建议 knitrBiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/MartinFXP/bnem/
BugReports https://github.com/MartinFXP/bnem/issues
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包档案

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源包 bnem_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 bnem_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) bnem_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) bnem_1.6.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bnem
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/bnem
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/bnem/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/bnem/
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