biomaRt

DOI:10.18129 / B9.bioc.biomaRt

与BioMart数据库(即Ensembl)的接口

Bioconductor版本:发行版(3.16)

近年来，在公共数据库中可以获得大量的生物数据。全面的生物信息学数据分析需要方便地获取这些宝贵的数据资源，并与数据分析紧密结合。biomaRt为越来越多的数据库提供接口，实现biomaRt软件套件( )．该包支持以统一的方式检索大量数据，而不需要知道底层数据库模式或编写复杂的SQL查询。BioMart数据库最突出的例子是由Ensembl维护的，它为BioMart用户提供了直接访问不同数据集的机会，并支持从基因注释到数据库挖掘的广泛强大的在线查询。

作者:Steffen Durinck [aut]， Wolfgang Huber [aut]， Sean Davis [ctb]， Francois Pepin [ctb]， Vince S Buffalo [ctb]， Mike Smith [ctb, cre]

维护者:Mike Smith

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“biomaRt”)

超文本标记语言	R脚本	使用biomaRt访问Ensembl注释
超文本标记语言	R脚本	使用BioMart而不是Ensembl
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，软件
版本	2.54.0
在Bioconductor	BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 17.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法
进口	跑龙套,XML(> = 3.99 - -0.7),AnnotationDbi，进步，stringr，httr，消化，BiocFileCache，rappdirs，xml2
链接
建议	BiocStyle，knitr，嘲笑，rmarkdown，testthat，webmockr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	注释，BrainSABER，chromPlot，彗星，customProDB，DrugVsDisease，genefu，GenomicOZone，MineICA，NetSAM，PPInfer，RepViz，VegaMC
进口我	ArrayExpressHTS，ASpediaFI，BadRegionFinder，BgeeCall，分歧点，BUSpaRse，ChIPpeakAnno，CHRONOS，conclus，dagLogo，DEXSeq，DominoEffect，drugTargetInteractions，easyRNASeq，EDASeq，埃尔默，EpiMix，epimutacions，ExpHunterSuite，弗雷泽，GDCRNATools，GeneAccord，GenomicFeatures，GenVisR，gespeR，glmSparseNet，GOexpress，goSTAG，gpart软件，GRaNIE，Gviz，爱马仕，InterCellar，等压线，花边，mCSEA，MEDIPS，MetaboSignal，metaseqR2，MGFR，MouseFM，NoRCE，OncoScore，oposSOM，ORFik，pcaExplorer，phenoTest，PrecisionTrialDrawer，pRoloc，ProteoMM，psygenet2r，pwOmics，R453Plus1Toolbox，ramwas，收回，rgsepd，RIPAT，RnaSeqSampleSize，scPipe，seq2pathway，SeqGSEA，sitadela，分裂，海绵，surfaltr，SWATH2stats，TCGAbiolinks，TCGAWorkflow，TEKRABber，TFEA。芯片，TimiRGeN，transcriptogramer，trena，ViSEAGO，XCIR，纱
建议我	AnnotationForge，bioassayR，BloodCancerMultiOmics2017，ccTutorial，celda，cellTree，chromstaR，ClusterJudge，CNVgears，crisprDesign，ctgGEM，cTRAP，epistack，fedup，小伙子，h5vc，leeBamViews，MAGeCKFlute，马提尼，massiR，MethReg，MineICA，海市蜃楼，MutationalPatterns，netSmooth，益生元，OmnipathR，OrganismDbi，钢琴，Pigengene，后代，R3CPET，Rcade，RegParallel，RforProteomics，RnBeads，rTRM，嘘，ShortRead，SIM卡，sincell，SummarizedBenchmark，trackViewer，wiggleplotr，zinbwave
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	biomaRt_2.54.0.tar.gz
Windows二进制	biomaRt_2.54.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	biomaRt_2.54.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	biomaRt_2.53.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biomaRt
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/biomaRt
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/biomaRt/
软件包下载报告	下载数据