Bioconductor版本:发行版(3.16)
实现多种方法批量校正单细胞(RNA测序)数据。这包括基于检测相互最近的邻居的方法,以及日志表达式值的线性回归的几种有效变体。还提供了执行全局重新缩放的函数,以消除批次之间的深度差异,并执行主成分分析,该分析对批次之间单元数量的差异具有鲁棒性。
作者:Aaron Lun [aut, cre], Laleh Haghverdi [ctb]
维护者:Aaron Lun
引文(从R内,输入引用(“确定”)
):
要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“确定”)
超文本标记语言 | R脚本 | 1.修正批效应 |
超文本标记语言 | R脚本 | 2.扩展方法 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | BatchEffect,GeneExpression,归一化,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组 |
版本 | 1.14.1 |
在Bioconductor | BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | SingleCellExperiment |
进口 | SummarizedExperiment,S4Vectors,BiocGenerics,Rcpp,统计,方法,utils,igraph,BiocNeighbors,BiocSingular,矩阵,DelayedArray,DelayedMatrixStats,BiocParallel,天窗,ResidualMatrix,ScaledMatrix,beachmat |
链接 | Rcpp |
建议 | testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,食物,嘘,咆哮,scRNAseq |
SystemRequirements | c++ 11 |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | OSCA。advanced, OSCA.intro, OSCA。multisample, OSCA.workflows |
进口我 | ChromSCape,mumosa,singleCellTK |
建议我 | TSCAN |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | batchelor_1.14.1.tar.gz |
Windows二进制 | batchelor_1.14.1.zip(64位) |
macOS二进制文件(x86_64) | batchelor_1.14.1.tgz |
macOS二进制文件(arm64) | batchelor_1.14.1.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/batchelor |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/batchelor |
生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/batchelor/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/batchelor/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
BioC 3.16的旧源包 | 源存档 |