后面;

DOI:10.18129 / B9.bioc.batchelor

单细胞批量校正方法

Bioconductor版本:发行版(3.16)

实现多种方法批量校正单细胞(RNA测序)数据。这包括基于检测相互最近的邻居的方法，以及日志表达式值的线性回归的几种有效变体。还提供了执行全局重新缩放的函数，以消除批次之间的深度差异，并执行主成分分析，该分析对批次之间单元数量的差异具有鲁棒性。

作者:Aaron Lun [aut, cre]， Laleh Haghverdi [ctb]

维护者:Aaron Lun 的键盘

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“确定”)

超文本标记语言	R脚本	1.修正批效应
超文本标记语言	R脚本	2.扩展方法
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，GeneExpression，归一化，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组
版本	1.14.1
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	SingleCellExperiment
进口	SummarizedExperiment，S4Vectors，BiocGenerics，Rcpp，统计，方法，utils，igraph，BiocNeighbors，BiocSingular，矩阵，DelayedArray，DelayedMatrixStats，BiocParallel，天窗，ResidualMatrix，ScaledMatrix，beachmat
链接	Rcpp
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，食物，嘘，咆哮，scRNAseq
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
全靠我	OSCA。advanced, OSCA.intro, OSCA。multisample, OSCA.workflows
进口我	ChromSCape，mumosa，singleCellTK
建议我	TSCAN
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	batchelor_1.14.1.tar.gz
Windows二进制	batchelor_1.14.1.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	batchelor_1.14.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)	batchelor_1.14.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/batchelor
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/batchelor
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/batchelor/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/batchelor/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档