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awst
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DOI:10.18129 / B9.bioc.awst
不对称样本内变换
Bioconductor版本:发行版(3.16)
我们提出了一种非对称样本内转换(AWST)来正则化RNA-seq读取计数，并减少噪声对样本分类的影响。AWST包括两个主要步骤:标准化和平滑。这些步骤转换基因表达数据，以降低低表达特征的噪声，这些特征受到背景效应和低信噪比的影响，以及高表达特征的影响，这可能是扩增偏倚和其他实验伪影的结果。
作者:Davide Risso [aut, cre, cph]
，斯特凡诺·帕尼奥塔[aut, cph]
维护者:Davide Risso < Risso。Davide在gmail.com>
引文(从R内，输入引用(“awst”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“awst”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | awst简介 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | GeneExpression，归一化，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | |
| 进口 | 统计数据、方法SummarizedExperiment |
| 链接 | |
| 建议 | 气道，ggplot2，testthat，EDASeq，knitr，BiocStyle，RefManageR，sessioninfo，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/drisso/awst |
| BugReports | https://github.com/drisso/awst/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | awst_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | awst_1.6.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | awst_1.6.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | awst_1.6.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/awst |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/awst |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/awst/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/awst/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
