amplican

DOI:10.18129 / B9.bioc.amplican

CRISPR实验的自动化分析

Bioconductor版本:版本(3.16)

amplican执行扩增子的对齐的读取,实现收集数据规范化,计算多个统计(如降息、转移)和呈现在形式的汇总报告。由实验数据和统计数据可以分解,条形码,用户定义的组织、指导和扩增子允许快速识别潜在的问题。

作者:Kornel Labun (aut),大船瓦伦(cph, cre)

维护人员:瓦伦大船<大船。瓦伦gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“amplican”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“amplican”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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细节

biocViews 对齐,CRISPR,ImmunoOncology,软件,技术,qPCR
版本 1.20.0
Bioconductor自 BioC 3.6 (r - 3.4)(5年)
许可证 GPL-3
取决于 R(> = 3.5.0)、方法BiocGenerics(> = 0.22.0),Biostrings(> = 2.44.2),data.table(> = 1.10.4-3)
进口 Rcpputils (> = 3.4.1),S4Vectors(> = 0.14.3),ShortRead(> = 1.34.0),IRanges(> = 2.10.2),GenomicRanges(> = 1.28.4),GenomeInfoDb(> = 1.12.2),BiocParallel(> = 1.10.1),gtable(> = 0.2.0),gridExtra(> = 2.2.1),ggplot2(> = 2.2.0),ggthemes(> = 3.4.0),华夫格(> = 0.7.0),stringr(> = 1.2.0),数据(> = 3.4.1),matrixStats(> = 0.52.2),矩阵-10年(> = 1.2),dplyr(> = 0.7.2),rmarkdown(> = 1.6),knitr(> = 1.16),clusterCrit(> = 1.2.7)编写
链接 Rcpp
建议 testthat,BiocStyle,GenomicAlignments
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/valenlab/amplican
BugReports https://github.com/valenlab/amplican/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 amplican_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 amplican_1.20.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64) amplican_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64) amplican_1.20.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/amplican
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ amplican
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/amplican/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/amplican/
包下载报告 下载数据

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