气道

DOI:10.18129 / B9.bioc.airway

rangedsummarizeexperiment for RNA-Seq in气道平滑肌细胞，Himes et al . PLoS One 2014

生物导体版本:发布(3.12)

该包提供了一个rangedsummarizedexperexperiment对象的基因读计数的RNA-Seq实验四人气道平滑肌细胞系处理地塞米松。关于基因模型和读取计数程序的细节在软件包小插图中提供。实验引自:Himes BE, Jiang X, Wagner P, Hu R, Wang Q, Klanderman B, Whitaker RM, Duan Q, Lasky-Su J, Nikolos C, Jester W, Johnson M, Panettieri R Jr, Tantisira KG, Weiss ST, Lu Q。RNA-Seq转录组分析鉴定CRISPLD2是调节气道平滑肌细胞中细胞因子功能的糖皮质激素应答基因。公共科学图书馆。2014年6月13日;9(6):e99625。PMID: 24926665。地理:GSE52778。

作者:迈克尔的爱

维护者:Michael Love

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("气道")

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文档

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超文本标记语言	R脚本	气道平滑肌细胞
PDF		参考手册

细节

biocViews	ExperimentData,地理,RNASeqData,SequencingData
版本	1.10.0
许可证	LGPL
取决于	R (> = 3.5.0),SummarizedExperiment
进口
链接
建议	knitr,GEOquery
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	rnaseqGene
进口我	consensusDE
建议我	适应,apeglm,biobroom,BioCor,BiocSet,CeTF,DelayedArray,DESeq2,EnhancedVolcano,EnrichmentBrowser,理想的,IHW,IHWpaper,iSEEu,OPWeight,pathwayPCA,pcaExplorer,后代,RegParallel,runibic,SummarizedExperiment,ToPASeq,TTMap,weitrix
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包档案

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源包	airway_1.10.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/airway
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/气道
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/airway/
包下载报告	下载数据