YAPSA

DOI:10.18129 / B9.bioc.YAPSA

又一个用于签名分析的软件包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该包提供了突变特征监督分析的函数和例程(即，特征必须是已知的，参见L. Alexandrov等人，Nature 2013和L. Alexandrov等人，Bioaxiv 2018)。特别地，函数族LCD (LCD =线性组合分解)可以使用最优的签名特定截止，它照顾到不同签名的不同可检测性。此外，该包提供了不同的突变签名集，包括COSMIC和PCAWG SNV签名以及PCAWG Indel签名;利用YAPSA，将突变特征的监督分析概念推广到Indel特征。YAPSA还提供了由剖面似然计算的置信区间，并可以对分层突变目录(SMC = stratify mutational catalog)进行特征分析，以分析不同地层中特征的富集和耗尽模式。

作者:Daniel Huebschmann [aut, cre]， Lea Jopp-Saile [aut]， Carolin Andresen [aut]， Zuguang Gu [aut]， Matthias Schlesner [aut]

维护者:Daniel Huebschmann < Huebschmann。Daniel在googlemail.com>上报道

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“YAPSA”)

超文本标记语言	R脚本	1.YAPSA的使用
超文本标记语言	R脚本	2.Signature-specific达标
超文本标记语言	R脚本	3.置信区间
超文本标记语言	R脚本	4.突变特征的分层分析
超文本标记语言	R脚本	5.Indel特征分析
超文本标记语言	R脚本	6.WES数据使用YAPSA
超文本标记语言		index . html
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiologicalQuestion，聚类，DNASeq，GenomicVariation，测序，软件，SomaticMutation，StatisticalMethod，可视化
版本	1.24.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6.0)，GenomicRanges，ggplot2、网格
进口	limSolve，SomaticSignatures，VariantAnnotation，GenomeInfoDb，reshape2，gridExtra，corrplot，dendextend，GetoptLong，circlize，gtrellis，doParallel，PMCMRplus，ggbeeswarm，ComplexHeatmap，KEGGRESTgrDevices,Biostrings，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，magrittr，pracma，dplyr,跑龙套
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	YAPSA_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	YAPSA_1.24.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	YAPSA_1.24.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	YAPSA_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/YAPSA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/YAPSA
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/YAPSA/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/YAPSA/
软件包下载报告	下载数据