XNAString

DOI:10.18129 / B9.bioc.XNAString

修饰寡核苷酸序列的有效操作

Bioconductor版本:发行版(3.16)

XNAString包允许在单个对象中描述碱基序列和相关的化学修饰。XNAString可以捕获单链分子，也可以捕获双链分子。化学修饰被表示为与分子的不同特征(碱基序列、糖序列、主链序列、修饰)相关联的独立字符串，并且可以读取或写入HELM符号。它还可以使用来自维也纳narna的RNAfold进行二级结构预测。XNAString被设计为基于核酸的治疗方法的有效表示，因此它存储了关于目标序列的信息，并提供了来自Biostrings包的匹配和校准功能的接口。

作者:Anna Górska [aut]， Marianna Plucinska [aut, cre]， Lykke Pedersen [aut]， Lukasz Kielpinski [aut]， Disa Tehler [aut]， Peter H. Hagedorn [aut]

维护者:Marianna Plucinska < Marianna。在roche.com>的Plucinska

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“XNAString”)

超文本标记语言	R脚本	XNAString类和功能
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，遗传学，SequenceMatching，测序，软件
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.1)
进口	跑龙套,Biostrings，BSgenome，data.table，GenomicRanges，IRanges、方法、Rcpp，stringi，S4Vectors，future.apply，stringr，formattable,统计数据
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，减价，testthat，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，老鸨
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	XNAString_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	XNAString_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	XNAString_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	XNAString_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/XNAString
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/XNAString
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/XNAString/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/XNAString/
软件包下载报告	下载数据