“航行者”号

DOI:10.18129 / B9.bioc.Voyager

从地理空间组学

Bioconductor版本:版本(3.17)

SpatialFeatureExperiment(技术)是一种新的S4类来处理空间单细胞基因组数据。“航行者”号包实现了基本的探索性空间数据分析(ESDA)超临界流体的方法。单变量方法包括单变量全局空间ESDA方法如莫兰的我,排列测试莫兰的我,和相关图。二元方法包括李的L和交叉变差函数。多元方法包括MULTISPATI PCA和多元当地Geary C Anselin最近开发的。“航行者”号包还实现了绘图函数绘制技术数据和ESDA结果。

作者:λ摩西(aut (cre)凯拉杰克逊(aut)劳拉Luebbert (aut)利奥尔Pachter (aut,牧师)

维护人员:摩西λ< dlu2 caltech.edu >

安装

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HTML	R脚本	功能概述
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细节

biocViews	GeneExpression,软件,空间,转录组,可视化
版本	1.2.3
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	BiocParallel,咆哮ggnewscale ggplot2 (> = 3.4.0) grDevices,网格,生命周期,矩阵方法,东拼西凑,rlang, RSpectra,S4Vectors、天平、scico科幻,SingleCellExperiment,sparseMatrixStats,SpatialExperiment,SpatialFeatureExperiment(> = 1.2.1)、spdep统计,SummarizedExperimentterra,跑龙套
链接
建议	adespatial,地图,BiocSingular,BiocStylecowplot,ExperimentHub,gstat ggh4x hexbin、knitr pheatmap,rhdf5rmarkdown,嘘scattermore,食物sfarrow,SFEDatavdiffr testthat(> = 3.0.0),发呜呜声
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/pachterlab/voyager
BugReports	https://github.com/pachterlab/voyager/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Voyager_1.2.3.tar.gz
Windows二进制	Voyager_1.2.3.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	Voyager_1.2.3.tgz
macOS二进制(arm64)	Voyager_1.2.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Voyager
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/旅行者
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Voyager/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Voyager/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档