VariantFiltering

DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantFiltering

编码和非编码遗传变异的筛选

Bioconductor版本:发行版(3.15)

筛选遗传变异使用不同的标准，如遗传模型，氨基酸变化的后果，小等位基因频率在人类群体，剪接位点强度，保守等。

作者:Robert Castelo [aut, cre]， Dei Martinez Elurbe [ctb]， Pau Puigdevall [ctb]， Joan Fernandez [ctb]

维护者:Robert Castelo < Robert。卡斯特罗访问upf.edu>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("VariantFiltering")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“VariantFiltering”)

PDF	R脚本	VariantFiltering:过滤编码和非编码遗传变异
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，遗传学，HighThroughputSequencing，Homo_sapiens，单核苷酸多态性，测序，软件
版本	1.32.0
在Bioconductor公司	BioC 2.14 (R-3.1)(8.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.5.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.25.1),VariantAnnotation(> = 1.13.29)
进口	跑龙套,统计数据,Biobase，S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 2.3.23),RBGL，图，AnnotationDbi，BiocParallel，Biostrings(> = 2.33.11),GenomeInfoDb(> = 1.3.6),GenomicRanges(> = 1.19.13),SummarizedExperiment，GenomicFeatures，Rsamtools(> = 1.17.8),BSgenome，GenomicScores(> = 1.0.0),Gviz，闪亮的，shinythemes，shinyjs，DT，shinyTree
链接	S4Vectors，IRanges，XVector，Biostrings
建议	RUnit，BiocStyle，org.Hs.eg.db，BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，phastCons100way.UCSC.hg19，PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131，SIFT.Hsapiens.dbSNP137
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rcastelo/VariantFiltering
BugReports	https://github.com/rcastelo/VariantFiltering/issues
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	VariantFiltering_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	VariantFiltering_1.32.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	VariantFiltering_1.32.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/VariantFiltering
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/VariantFiltering
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VariantFiltering/
软件包下载报告	下载数据