Uniquorn

DOI:10.18129 / B9.bioc.Uniquorn

识别癌症细胞系的基于加权突变/变分指纹

Bioconductor版本:版本(3.17)

“Uniquorn”允许用户识别癌症细胞系。癌症细胞系误认和交叉污染reprents癌症研究人员的一个重大挑战。识别是至关重要的,这个包的框架基于位置/体细胞和生殖系突变位点/变化。输入格式vcf / vcf。广州和文件必须包含一个癌症细胞系样本(即一个单一的成员/基因型/ gt vcf文件中的列)。

作者:Raik奥托

维护人员:< Raik Raik奥托。奥托在hu-berlin.de >

从内部引用(R,回车引用(“Uniquorn”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Uniquorn”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Uniquorn”)

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文本 新闻

细节

biocViews ExomeSeq,ImmunoOncology,软件,StatisticalMethod,WholeGenome
版本 2.20.0
Bioconductor自 BioC 3.3 (r - 3.3)(7年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.5)
进口 stringr, R。foreach WriteXLS跑龙套,统计,doParallel,GenomicRanges,IRanges,VariantAnnotation,data.table
链接
建议 testthat、knitr rmarkdown,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 Uniquorn_2.20.0.tar.gz
Windows二进制 Uniquorn_2.20.0.zip
macOS二进制(x86_64) Uniquorn_2.20.0.tgz
macOS二进制(arm64) Uniquorn_2.19.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Uniquorn
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Uniquorn
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/Uniquorn/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/Uniquorn/
包下载报告 下载数据

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