UMI4Cats

DOI:10.18129 / B9.bioc.UMI4Cats

UMI4Cats: UMI-4C染色质接触数据的处理、分析和可视化

Bioconductor版本:发行版(3.16)

UMI-4C是一种允许描述3D染色质与感兴趣的诱饵相互作用的技术，利用超声处理步骤产生独特的分子标识符(UMIs)，有助于消除重复偏差，从而允许更好地比较不同条件下染色质相互作用。这个包允许从测序工具提供的FastQ文件开始处理UMI-4C数据。它提供了两种检测差分接触的统计方法，并包括一个可视化功能来绘制来自UMI-4C检测的综合信息。

作者:Mireia Ramos-Rodriguez [aut, cre]，马克·苏比拉纳-格兰内斯[aut]，洛伦佐·帕斯夸里[aut]

维护者:Mireia Ramos-Rodriguez

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“UMI4Cats”)

超文本标记语言	R脚本	利用UMI4Cats分析UMI-4C数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，报道，归一化，预处理，质量控制，测序，软件，可视化
版本	1.8.1
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0.0)，SummarizedExperiment
进口	魔法，cowplot，尺度，GenomicRanges，ShortRead，动物园，ggplot2，reshape2，地区，IRanges，S4Vectors，magrittr，dplyr，BSgenome，Biostrings，DESeq2，R.utils，Rsamtools，stringr，Rbowtie2、方法、GenomeInfoDb，GenomicAlignments，RColorBrewer， utils, grDevices, stats，org.Hs.eg.db，注释，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，rlang，GenomicFeatures，BiocFileCache，rappdirs，食品及药物管理局，BiocGenerics
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，tidyr，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Pasquali-lab/UMI4Cats
BugReports	https://github.com/Pasquali-lab/UMI4Cats/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	UMI4Cats_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	UMI4Cats_1.8.1.zip
macOS二进制文件(x86_64)	UMI4Cats_1.8.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/UMI4Cats
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/UMI4Cats
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/UMI4Cats/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/UMI4Cats/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档