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TrajectoryGeometry
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DOI:10.18129 / B9.bioc.TrajectoryGeometry
这个包发现了基因表达模式的时间和伪时间序列的方向性
Bioconductor版本:发行版(3.16)
给定基因表达数据的时间序列或伪时间序列，我们可能想知道:这些数据中基因表达的变化是否具有方向性?在这个方向上有转折点吗?数据的不同子集是否向不同方向移动?这个包使用球面几何来探测这类问题。特别是，如果我们查看(比如说)基因表达PCA的前n维，方向性可以被检测为(n-1)维球体上点的聚类。
作者:Michael Shapiro [aut, cre]
维护者:Michael Shapiro < Michael。夏皮罗在克里克。ac.uk>
引文(从R内，输入引用(“TrajectoryGeometry”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“TrajectoryGeometry”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | SingleCellTrajectoryAnalysis |
| 超文本标记语言 | R脚本 | TrajectoryGeometry |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | BiologicalQuestion，GeneExpression，SingleCell，软件，StatisticalMethod |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 4.1) |
| 进口 | pracma，rgl，ggplot2、统计数据、方法 |
| 链接 | |
| 建议 | dplyr，knitr，RColorBrewer，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | TrajectoryGeometry_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | TrajectoryGeometry_1.6.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | TrajectoryGeometry_1.6.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | TrajectoryGeometry_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TrajectoryGeometry |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ trajectory . geometry |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/TrajectoryGeometry/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/TrajectoryGeometry/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
