TraRe

DOI:10.18129 / B9.bioc.TraRe

转录重新布线

Bioconductor版本:发行版(3.16)

TraRe (Transcriptional Rewiring，转录重接线)是一个R包，包含了执行多种功能的必要工具。基于模块的基因调控网络(GRN)的识别通过重新布线测试对这些模块进行基于分数的分类;重新布线模块的可视化，以分析基于条件的GRN解除监管和通过派系方法恢复的基因。对于每个工具，可以生成一个html报告，其中包含关于所生成的GRN的有用信息和关于所执行测试的统计数据。这些工具是考虑到测序数据(RNA-Seq)而开发的。

作者:Jesus De La Fuente Cedeño [aut, cre, cph]，米克尔·赫内兹[aut, cph, th]，查尔斯·布拉蒂[aut, cph]

维护者:Jesus De La Fuente Cedeño

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“TraRe”)

超文本标记语言	R脚本	条件依赖性基因调控网络的鉴定
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯，分类，GeneRegulation，GeneTarget，GraphAndNetwork，RNASeq，软件
版本	1.5.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)
进口	哈希，ggplot2，统计，方法，igraph跑龙套,glmnet， vbsr, grDevices，gplots，gtools，pvclust，R.utils，dqrng，SummarizedExperiment，BiocParallel，matrixStats
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocGenerics，RUnit，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ubioinformat/TraRe/tree/master
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	TraRe_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	TraRe_1.6.3.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	TraRe_1.6.3.tgz
macOS二进制文件(arm64)	TraRe_1.6.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TraRe
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TraRe
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TraRe/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TraRe/
软件包下载报告	下载数据