TSCAN

DOI:10.18129 / B9.bioc.TSCAN

单细胞分析工具

Bioconductor版本:发行版(3.16)

提供基于由聚类质心构造的最小生成树执行轨迹分析的方法。通过将每个簇中的细胞(或新细胞)映射到树中最近的边缘来计算假时间细胞顺序。使用线性建模来识别沿着树的每条路径的差异表达基因。还实现了一些绘图和交互式可视化功能。

作者:纪志成[aut, cre]，纪洪凯[aut]，伦亚伦[ctb]

维护者:zhiicheng Ji

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“TSCAN”)

PDF	R脚本	TSCAN:单细胞分析工具
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GUI，GeneExpression，软件，可视化
版本	1.36.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(8.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	SingleCellExperiment，TrajectoryUtils
进口	ggplot2，闪亮的，plyr、网格fastICA，igraph，combinat，mgcv，mclust，gplots，方法，统计，矩阵，SummarizedExperiment，DelayedArray，S4Vectors
链接
建议	knitr，testthat，天窗，食物，metapod，BiocParallel，BiocNeighbors，后面;
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	OSCA。先进,OSCA.multisample
进口我	ctgGEM，盛宴，singleCellTK
建议我	调味品
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	TSCAN_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	TSCAN_1.36.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	TSCAN_1.36.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	TSCAN_1.36.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TSCAN
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TSCAN
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TSCAN/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TSCAN/
软件包下载报告	下载数据