烤面包

DOI:10.18129 / B9.bioc.TOAST

异质组织分析工具

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包致力于分析复杂组织的高通量数据(例如基因表达微阵列,DNA甲基化微阵列,RNA-seq)。目前的功能包括1。检测细胞类型特异性或跨细胞类型的差异信号3.基于树的微分分析改进了无参考反褶积中的变量选择。基于先验知识的部分无参考反褶积。

作者:李子怡、张薇薇、陈陆晓、吴浩

维护者:李子怡

引文(从R内,输入引用(“土司”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“土司”)

超文本标记语言 R脚本 TOAST用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DNAMethylationDifferentialExpressionDifferentialMethylation表观遗传学GeneExpressionGeneTargetMethylationArray微阵列软件
版本 1.12.0
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 3.6),EpiDISHlimmannlsquadprog
进口 统计数据、方法SummarizedExperimentcorpcordoParallel平行,ggplot2tidyrGGally
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdowngplotsmatrixStats矩阵
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/ziyili20/TOAST/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 TOAST_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 TOAST_1.12.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) TOAST_1.12.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) TOAST_1.12.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TOAST
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TOAST
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/TOAST/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/TOAST/
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