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烤面包
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DOI:10.18129 / B9.bioc.TOAST
异质组织分析工具
Bioconductor版本:发行版(3.16)
该软件包致力于分析复杂组织的高通量数据(例如基因表达微阵列，DNA甲基化微阵列，RNA-seq)。目前的功能包括1。检测细胞类型特异性或跨细胞类型的差异信号3.基于树的微分分析改进了无参考反褶积中的变量选择。基于先验知识的部分无参考反褶积。
作者:李子怡、张薇薇、陈陆晓、吴浩
维护者:李子怡
引文(从R内，输入引用(“土司”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“土司”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | TOAST用户指南 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DNAMethylation，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，表观遗传学，GeneExpression，GeneTarget，MethylationArray，微阵列，软件 |
| 版本 | 1.12.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.10 (R-3.6)(3年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | R (>= 3.6)，EpiDISH，limma，nnls，quadprog |
| 进口 | 统计数据、方法SummarizedExperiment，corpcor，doParallel平行,ggplot2，tidyr，GGally |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，knitr，rmarkdown，gplots，matrixStats，矩阵 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/ziyili20/TOAST/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | TOAST_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | TOAST_1.12.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | TOAST_1.12.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | TOAST_1.12.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TOAST |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TOAST |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/TOAST/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/TOAST/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
