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TFutils
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DOI:10.18129 / B9.bioc.TFutils
TFutils
Bioconductor版本:发行版(3.16)
这个包帮助用户使用来自不同来源的TF元数据。提供了重要的tf目录及其分类。还提供了用于motif扫描的工具。
作者:Vincent Carey [aut, cre]， Shweta Gopaulakrishnan [aut]
维护者:Vincent Carey
引文(从R内，输入引用(“TFutils”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“TFutils”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | fimo16的注释 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | TFutils——表示TFBS和TF目标集 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 软件，转录组 |
| 版本 | 1.18.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 4.1.0) |
| 进口 | 方法,dplyr，magrittr，miniUI，闪亮的，Rsamtools，GSEABase，rjson，BiocFileCache，DT，httr，readxl，AnnotationDbi，org.Hs.eg.db,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，data.table，testthat，AnnotationFilter，Biobase，GenomicFeatures，GenomicRanges，Gviz，IRanges，S4Vectors，EnsDb.Hsapiens.v75，BiocParallel，BiocStyle，GO.db，GenomicFiles，GenomeInfoDb，SummarizedExperiment，UpSetR，ggplot2，png，gwascat，MotifDb，motifStack，RColorBrewer，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | TFutils_1.18.0.tar.gz |
| Windows二进制 | TFutils_1.18.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | TFutils_1.18.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | TFutils_1.18.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TFutils |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TFutils |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/TFutils/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/TFutils/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
