TFBSTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.TFBSTools

转录因子结合位点(TFBS)分析软件包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

TFBSTools是一个转录因子结合位点分析和操作的包。它包括位置频率矩阵(PFM)、位置权重矩阵(PWM)和信息内容矩阵(ICM)之间的矩阵转换。它还可以从序列/比对中扫描假定的TFBS,查询JASPAR数据库,并提供了一个从头motif发现软件的包装器。

作者:葛坦[aut, cre]

维护者:葛坦

引文(从R内,输入引用(“TFBSTools”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“TFBSTools”)

超文本标记语言 R脚本 转录因子结合位点(TFBS)分析与“TFBSTools”包
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐GeneRegulationMotifAnnotationMotifDiscovery软件转录
版本 1.36.0
在Bioconductor BioC 2.13 (R-3.0)(9年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 3.2.2)
进口 Biobase(> = 2.28),Biostrings(> = 2.36.4),BiocGenerics(> = 0.14.0),BiocParallel(> = 1.2.21),BSgenome(> = 1.36.3),caTools(> = 1.17.1),cn(> = 1.4.0),DirichletMultinomial(> = 1.10.0),GenomeInfoDb(> = 1.6.1),GenomicRanges(> = 1.20.6),gtools(>= 3.5.0),网格,IRanges(>= 2.2.7),方法DBI(> = 0.6),RSQLite(> = 1.0.0),rtracklayer(> = 1.28.10),seqLogo(> = 1.34.0),S4Vectors(> = 0.9.25),TFMPvalue(> = 0.0.5),XML(> = 3.98 - -1.3),XVector(>= 0.8.0),并行
链接
建议 BiocStyle(> = 1.7.7),JASPAR2014(> = 1.4.0),knitr(> = 1.11),testthatJASPAR2016(> = 1.0.0),JASPAR2018(> = 1.0.0),rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ge11232002/TFBSTools
BugReports https://github.com/ge11232002/TFBSTools/issues
全靠我
进口我 ATACCoGAPSATACseqTFEAchromVARenrichTFesATACMatrixRider蒙娜丽莎motifmatchrmotifStackprimirTSSspatzie
建议我 CAGEWorkflowenhancerHomologSearchJASPAR2018JASPAR2020JASPAR2022MAGARMethReg网页排名universalmotif
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 TFBSTools_1.36.0.tar.gz
Windows二进制 TFBSTools_1.36.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) TFBSTools_1.36.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) TFBSTools_1.36.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TFBSTools
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TFBSTools
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/TFBSTools/
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