TCGAutils

DOI:10.18129 / B9.bioc.TCGAutils

用于数据管理的TCGA实用函数

Bioconductor版本:发行版(3.16)

一套辅助函数，用于检查和操作TCGA数据，包括从curatedTCGAData实验包中获得的数据。这些函数旨在简化TCGA数据并使其更易于管理。导出函数包括那些将数据从平面文件导入到Bioconductor对象、转换行注释和通过GDC API转换标识符的函数。

作者:马塞尔·拉莫斯[aut, cre]， Lucas Schiffer [aut]， Sean Davis [ctb]， Levi Waldron [aut]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。Ramos在roswellpark.org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“TCGAutils”)

超文本标记语言	R脚本	TCGAutils必需品
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，预处理，软件，WorkflowStep
版本	1.18.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	AnnotationDbi，BiocGenerics，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，GenomicRanges，GenomicDataCommons，IRanges、方法、MultiAssayExperiment，RaggedExperiment(> = 1.5.7),房车，S4Vectors统计数据,stringr，SummarizedExperiment跑龙套,xml2
链接
建议	AnnotationHub，BiocFileCache，BiocStyle，curatedTCGAData，ComplexHeatmap，devtools，dplyr，httr，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，嫁祸于，knitr，magrittr，mirbase.db，org.Hs.eg.db，RColorBrewer，readr，rmarkdown，RTCGAToolbox(> = 2.17.4),rtracklayer，R.utils，testthat，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/waldronlab/TCGAutils/issues
全靠我
进口我	cBioPortalData，RTCGAToolbox，terraTCGAdata
建议我	CNVRanger，curatedTCGAData，dce，glmSparseNet
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	TCGAutils_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	TCGAutils_1.18.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	TCGAutils_1.18.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TCGAutils
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TCGAutils
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TCGAutils/
软件包下载报告	下载数据