TCGAbiolinks

DOI:10.18129 / B9.bioc.TCGAbiolinks

TCGAbiolinks: R / Bioconductor包与环球数码创意数据进行综合分析

Bioconductor版本:版本(3.17)

TCGAbiolinks的目的是:我)环球数码创意开放获取数据检索方便,2)使用适当的准备数据预处理策略,3)提供的方法进行不同标准的分析和iv)很容易繁殖早期的研究结果。详细,包提供了多种方法进行分析(如微分表达式的分析,识别差异甲基化区域)和可视化的方法(例如,生存的阴谋,火山情节,亮光情节)为了方便开发完整的分析管道。

作者:安东尼奥Colaprico蒂亚戈Chedraoui Silva Catharina奥尔森,卢西亚诺Garofano,大卫。Garolini,克劳迪娅静脉,泰国人Sabedot, Tathiane马耳他、斯特凡诺·m·Pagnotta伊莎贝拉Castiglioni米歇尔,切Houtan Noushmehr蒋禄卡波特米

维护人员:蒂亚戈Chedraoui席尔瓦< tiagochst gmail.com >,安东尼奥Colaprico < axc1833 med.miami.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TCGAbiolinks”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,GeneExpression,GeneRegulation,MethylationArray,网络,通路,测序,软件,生存
版本	2.28.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(7.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 4.0)
进口	grDevices下载器(> = 0.4),biomaRtdplyr,图形,宠物猫,GenomicRanges、XML(> = 3.98.0)数据。表,jsonlite (> = 1.0.0) plyr, knitr,方法,ggplot2, stringr (> = 1.0.0),IRanges房车(> = 0.3.0),统计,跑龙套,S4VectorsR.utils,SummarizedExperiment(> = 1.4.0),TCGAbiolinksGUI.data(> = 1.15.1)readr、工具tidyr, purrr, xml2, httr (> = 1.2.1)
链接
建议	jpeg、png、BiocStylermarkdown devtools,maftoolsparmigene c3net,minetdnet,Biobase,affytestthat,芝麻,AnnotationHub,ExperimentHub,pathview,clusterProfiler修,ComplexHeatmapcirclize,ConsensusClusterPlusigraph,supraHex,limma,刨边机,股东价值分析,EDASeqsurvminer,genefilter生存,gridExtra doParallel,平行,ggrepel(> = 0.6.3),尺度,网格
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks
BugReports	https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks/issues
取决于我
进口我	埃尔默,miRLAB,MoonlightR,TCGAWorkflow
建议我	GeoTcgaData,musicatk
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包
Windows二进制	TCGAbiolinks_2.28.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	TCGAbiolinks_2.28.0.tgz
macOS二进制(arm64)	TCGAbiolinks_2.27.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TCGAbiolinks
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TCGAbiolinks
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TCGAbiolinks/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TCGAbiolinks/
包下载报告	下载数据