移行细胞癌

DOI:10.18129 / B9.bioc.TCC

移行细胞癌:微分表达式分析标记数数据与健壮的标准化策略

Bioconductor版本:版本(3.16)

这个包提供了一系列的函数进行微分表达式从RNA-seq计数数据分析使用健壮的标准化策略(称为度)。德格的基本思想是,潜在的差异表达基因或转录(DEGs)相比,样品应该删除数据规范化获得well-ranked基因列表之前真正的DEGs顶级和non-DEGs底部排名。可以通过执行多步标准化策略(称为德格度消除策略)。移行细胞癌的一个重要特点是提供的标准化方法的几种统计数据(双官能团有或没有复制,多群/多因素,等等)通过使用的组合函数的依赖包。

作者:Jianqiang太阳,难以西山英彦,清水正孝太郎和Koji Kadota

维护人员:Jianqiang太阳在bi.a.u-tokyo.ac.jp > <悟空,难以他< tomoakin在staff.kanazawa-u.ac.jp >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“太极拳”)

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PDF	R脚本	移行细胞癌
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文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件
版本	1.38.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(9.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R(> = 3.0),方法,DESeq2,刨边机,baySeq,中华民国
进口
链接
建议	RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了	雪
URL
取决于我
进口我
建议我	compcodeR,ExpHunterSuite
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	TCC_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	TCC_1.38.0.zip
macOS二进制(x86_64)	TCC_1.38.0.tgz
macOS二进制(arm64)	TCC_1.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TCC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/太极拳
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TCC/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TCC/
包下载报告	下载数据